As Misericórdias ou Santas Casas da Misericórdia são inequivocamente uma das mais genuínas expressões da identidade, da cultura e da história de Portugal e da lusofonia. Se, como terá dito Alexandre Herculano, não é possível escrever a história de Portugal sem as misericórdias, tão-pouco é possível compreender e preservar a identidade e potenciar as capacidades destas ímpares instituições sem recurso à sua própria história, no decurso dos tempos e na sucessão de múltiplas gerações e vivências.
A 15 de Agosto de 1498 em Lisboa, no ano em que os navegadores portugueses atingiam a Índia, surgia a primeira misericórdia portuguesa em resultado da especial intervenção da Rainha D. Leonor, e com o total apoio do Rei D. Manuel I. Num contexto sócio-económico difícil e exigente, D. Leonor, rainha viúva de D. João II, resolve instituir uma Irmandade de Invocação a Nossa Senhora da Misericórdia. A partir desse momento, a Misericórdia adotou como símbolo identificador a imagem da Virgem com o manto aberto, protegendo os poderes terrenos, reis, rainhas, príncipes, e os poderes espirituais, Papas, cardeais, bispos, clérigos ou membros de ordens religiosas. Uma proteção que se estendia também a todos os necessitados, crianças, pobres, doentes, presos, entre outros. O símbolo, amplamente divulgado, passou a ser impresso nos compromissos, desenhado em azulejos, esculpido em diversos edifícios e pintado em telas, designadamente nos pendões, bandeiras ou estandartes que cada Misericórdia possuía.
Após 89 anos da fundação da primeira Misericórdia em Lisboa, era fundada em 1587, por transformação da antiga Confraria do Espírito Santo, a Irmandade da Misericórdia de Pernes, confirmada a 23 de maio de 1594, por El Rei D. Filipe I de Portugal. Nos anos seguintes, se terá dado início à edificação de uma igreja, assente sobre uma antiga Ermida do Espírito Santo, como nos atestam os textos antigos conservados na Torre do Tombo em Lisboa.
«Há taobem neste povo hum formoso templo feito onde antigamente estava hua hermida do Espírito Santo aqual fora fundada pelos annos de 1500 (...) com os sobejos das confrarias, e desfizerao a hermida antiga, e fizerao esta denovo com tanta devoçao e corisidade com os homens nobres, e principais assistiao continuamente com os officiais, e trabalhadores dandolhes toda a ajuda necessária para que a obra se continuase com fervor (...) e não havia em Pernes pessoa algua que não tivesse parte nesta obra, aqual se fez com esmollas do povo, e com os sobejos das rendas das confrarias (...) e ficou este templo servindo de hermida do Espírito Santo, e juntamente caza da Misericórdia com sua Irmandade confirmada por El Rey D. Felipe primeyro de Portugal por sua Provizão passada aos 23 de Mayo de 1594 por Ambrozio de Aguilar, e suscrita por Francisco Nunes de Payva, assignada por El Rey, e pelo Bispo de Lisboa».
Embora o templo da instituição seja tradicionalmente dado como fundado ainda no século XVI e reedificado no século XVII, o edifício existente apresenta um modelo chão, seguramente construído de raiz ao longo da centúria de Seiscentos, uma situação nada invulgar na época, em que muitas irmandades de Misericórdia sediadas em vilas periféricas viam arrastar-se as obras que patrocinavam, por falta de verbas. Sinal disso é que no arco triunfal que abre para a capela-mor se apresenta a data de 1665, certamente indicativa da conclusão da obra.
Embora se situe numa povoação da orla da cidade de Santarém, a igreja da Misericórdia de Pernes destaca-se pelo seu gosto de carácter erudito, cuidada, que revela o contacto do mestre da obra com os grandes centros de produção artística da época.
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